昌吉州第二中学创建于1971年，原名"昌吉州延安中学"。经过二中人四十多年的艰苦创业，学校发生了翻天覆地的变化。现已成为一所教学设备齐全、师资力量雄厚、校园环境优美、教育教学质量逐年提高、管理井然有序的全日制中学。
昌吉州二中机构健全，设党委行政办公室、政教处、教务处、教研室、总务处、保卫科、信息网络中心、学生管理科、工会、团委等十个科室。校级领导班子由党委书记、校长、教学副校长、德育副校长、行政副校长5人组成。学校现有高中班46个,其中哈语双语班3个， 初中班30个。在校学生4720人，在编教师328人。学校占地面积130亩，有四幢教学楼、一幢综合楼、一幢教学实验楼、两幢学生公寓楼和三幢教师住宅楼。有优美的校园文化园地和相应的设施。还有规范的400米跑道塑胶运动场，可供师生阅览的书刊20余种，学校藏书20余万册，为学生的学习提供了良好的条件。
学校始终坚持党的教育方针，走"以人为本、以德立校、质量兴校、特色强校"的办学理念，努力打造一流的教师队伍。学校有特级教师3名、高级教师138名、中级教师117名、初级教师54名；全国优秀教师2名、全国德育工作先进个人8名、自治区优秀教育工作者5名；有5名教师出国留学，有48人次参加全国万名骨干教师培训；州级学科带头人共计44名，州级骨干教师共计30名。
学校为保证教师队伍的高素质确立了"严谨、求实、开拓、创新"的教风，制定了"聘用制"、"三名工程"、"导师制"和相应的人才评价体系。开展以全员育人、全科育人、全程育人、管理育人、教书育人、环境育人、活动育人的务实教育活动，为教学工作起到了动力和保障的作用。
学校以创建"国家级现代化示范性高中、文明单位、绿色学校"为目标，坚持"办精初中、做强高中"的办学思想。积极营造和谐、人本、稳定的校园环境，创造健康、积极、务实、向上的校园文化。
近年来，学校把素质教育和教育教学质量提高作为孜孜不倦的追求，全面推进精致化管理，致力于打造书香儒雅、人文和谐的校园文化，实现了"随处可见是精致、信手拈来是文化"的目标；使学生的综合素质不断提升，高考、中考、学考、多学科竞赛成绩优异，有近3000人次获国家、自治区、自治州学科竞赛奖项。高考上线率和重点大学上线率逐年上升，2014年高考理科重本上线率达46.2%，文科30%.多年来为著名高校输送近千名品学兼优的学生，也为疆内外普通大学输送了大量的优秀毕业生。中考成绩连续十二年创全州最高分。每年都有百余位学子中考考分在800分以上。
与新世纪一起腾飞的昌吉州第二中学，在风华正茂的发展和前进中迎来了许多的殊荣与辉煌。先后被中央教科所授予"九五"、"十五"、"十一五"规划国家级整体构建德育体系实验先进学校，被国家教委授予全国德育工作先进单位、全国《贯彻体育工作条例》优秀学校、全国和谐校园、全国平安校园示范校、全国百所德育名校。被授予"学校安全教育示范基地"、"学校安全教育实验学校"、"中国学校心理健康教育行动研究实验校"、全国青少年五好小公民"复兴中华，从我做起"主题教育活动示范学校、全国素质教育先进学校、全国平安校园创建示范单位；自治区级文明单位、自治区首批示范高中、自治区德育示范学校、自治区依法治校先进单位、自治区绿色学校、自治区卫生红旗单位、自治区"十一五"德育先进学校、自治区级现代教育技术实验学校、自治区教育系统先进基层党组织、自治区青少年科技活动特色学校、自治区学生阳光体育运动先进学校。自治州先进学校、州级文明单位、基础教育示范学校、校本研修样本校、州创先争优先进基层党组织、州民族团结模范进步单位、州工会工作先进集体、州"现代文化促进月"先进单位等光荣称号。如今，年轻的昌吉州二中正迈着坚实的步伐前进在昌吉州教育发展的前沿，为昌吉州教育事业发展奋斗不息！