红墨水可以染色洋葱表皮细胞中的各种细胞器，使细胞便于观察。
亚甲基蓝是活体染色剂，也是碱性染色剂，能把细胞核染成蓝色，便于观察。
还有一点是：观察洋葱表皮细胞目的是让学生使用显微镜观察到植物细胞极其细胞的主要结构，因为这个实验安排在初一，学生对细胞只是初步了解，因此所以用红墨水更好，可以较清除看到细胞膜、细胞核、细胞壁。
口腔上皮细胞的染色一般用亚甲基蓝溶液，因为这个实验比较容易看到染色体，而染色体用亚甲基蓝溶液染色效果较好
口腔上皮细胞的染色还可以用碘酒，如果染色过深可以用酒精脱碘，这是小学教材使用的方法。