(一)初中生物教学理念落后
由于受到传统教学理念的影响，当前初中教育还是以提高升学率为目标，这种落后的教学理念可以说广泛地存在于师生的脑海中，严重影响了初中生物教学水平和教学质量的提高。初中生物因为在中考中所占的比例很小，是所谓的“副科”，导致学生对于生物学习缺乏动力和兴趣，学校对于生物教学也不够重视，加上教师对生物教学重要性的认识不足，没有积极改进教学模式，这样不仅降低了学生的学习热情，也使得生物课堂教学效果和整体教学质量严重下降。
(二)初中生物教学师资力量严重不足
任何教学活动都必须要有一支素质过硬、结构合理以及专业知识扎实的师资队伍作保证。教师在培养学生的学习兴趣和提高课堂教学的教学效果方面有着不可忽视的作用，初中生物教学也不例外。但是，在实际当中，由于社会和经济等因素，生物教师在各地区、各学校之间存在很大的不平衡。因为经济发展水平差距很大，导致广大的农村地区以及西部边远地区的师资队伍有着很大的缺口，而且对于生物教学的师资队伍的培养也没有形成一定的科学化、制度化，师资队伍的年龄结构也存在不合理，两极分化严重。
(三)缺乏教学设备
生物有着自身的学科特点，有着大量的实验教学内容，这就需要大量的教学实验设备以保证教学活动的实施。但是由于我国还是发展中国家，经济发展水平相对于发达国家还有很大的差距，加上我国经济发展极不平衡，很多地区还很落后，无法满足所有的初中生物教学的需要。另外，一些初中学校对于生物教学不够重视，对于教学所需的设备投入不足，导致很多教学活动无法开展，影响了教学效果。
(四)初中生物教学模式单一滞后
虽然随着我国教育新课改的不断深入，初中生物教学水平有了一定的提高，但还是避免不了以教师为中心的教学模式，教师在教学过程中有着主导地位，多数只是简单地对学生进行知识灌输，与学生之间缺乏必要的互动探讨。这种没有根据新课改的教学要求开展的教学，学生接受知识只是通过教师的讲解和自己的死记硬背，显然严重忽视了学生自主探索能力的培养，极不符合生物学科的学习规律。