在法庭上为自己辩解（资料图）
集团和集团的成员最初都是由分别设立的专案组进行审查的。1978年12月召开的的十一届，决定将林、案交给重建的进行审查。接受这一任务后，建立三个小组：第一组以副书记刘顺元为首，审理集团案件；第二组以副书记张启龙为首，审理集团案件；第三组由主持日常工作的副书记直接领导，以副书记章蕴为首，审理康生、谢富治的问题。由于工作任务繁重，后经请示决定，成立、集团案件审理领导小组，下设办公室，由组织和有关部委和的同志参加，负责案件的具体审理工作。这个办公室对外也称第二办公室。该办公室下设一组(负责审理集团案)、二组(负责审理集团案)、审理组、秘书组。这时林、案正式定名为“两案”。对“两案”的审理，一开始就存在两种不同的意见：一种意见认为，既然要查清林、的罪行，就必须对“”十年中的重大事件和重大问题都彻底查清楚，分清是罪行还是错误，不论涉及到谁都应查清。另一种意见认为，清查只能清查到四届或的十大前后为止，不能再往前查，否则就发生“是否砍旗”的问题。这个情况向和作了汇报，经过领导小组讨论，支持第一种意见。即对“”十年中的重大事件和重大问题，应当实事求是地一律查清，在事实的基础上作出符合实际的结论。经过查证的大量事实，使林、的性质清楚地暴露了出来。
1979年7月28日，“两案”领导小组召开第一次会议。组长(当时任组织部部长)传达了指示：“两案”审理工作是非常严肃的，要向子孙后代负责，向全负责，要经得起历史的检验。8月，根据的提议，在京西宾馆召开全国“两案”审理工作会议。在会议上，作了重要讲话。他指出：“这次对‘两案’犯错误和犯罪人员的处理……要考虑‘’的历史条件，要按的政策和国家的法律办事。凡是判刑的，一定要经得起历史的检验。”又说“我们现在面临对被告提起公诉，起诉书我们没有搞过。包括我自己。起诉书要经得起批驳，包括资产阶级学者们的批驳。”这样，就得以提前介入。
1979年9月3日，常委、等听取了“两案”审理工作情况的汇报。汇报完毕，说：“黄、吴、李、邱，还有可算一案。王、张、江、姚也作为一案。把他们作为夺权、阴谋的集团案子来处理。不要一个人一个人地去判，按集团案把起诉书写出来。审判的时候注意把他们的主要罪行即祸国殃民的罪行写出来就行了。其他小的罪行不一定写那么细。”做总结发言说：“对于两个案子，不管判刑也好，纪处分也好，总的精神要把我们的好传统发扬起来，就是要我们对这些人的处理站得住脚。”
1980年2月，根据对“两案”审查的结果，证明、两个集团触犯了国家刑律，决定把“两案”主犯，移交司法机关依法审理，追究刑事责任。
3月17日，恢复不久的书记处开会，讨论林、案的事宜。、余秋里等书记处成员到会，刚担任全国常委会法制委员会主任的彭真也应邀参加会议。会议经过认真讨论，形成下列六条意见：(1)正式按“集团”进行审判。(2)起诉书、证据都要确凿，站得住脚，传到子孙后代也不了。这样做了，对加强安定团结的面，同心同德干四化有积极的作用。在国际上也有好的影响。(3)从现在起搞好预审。让被告讲话，让他们申辩，从中摸清他们的思想情况，以便有的放矢。(4)在起诉前，把起诉书发给被告，争取被告不仅自己服法，而且出来作证。(5)根据的提议，成立“两案”审判指导委员会，由彭真、彭冲担任正副主任，最高人民院长江华、最高人民检察长黄火青、部长赵苍壁及、等同志参加。(6)组织特别法庭进行审判，针对这些案犯掌握和国家的最高机密，不公开审理。……案由军事起诉，案由最高人民起诉。……。
3月底，书记处再次开会讨论对“两案”案犯起诉书初稿。受委托负责“两案”审理的彭真，首先发表意见说：“我看了对‘’的起诉书和材料，没有什么意见。对这帮人要有充分的估计，他们做了多少坏事，他们知道，我们不知道。所以在预审中不能轻敌，轻敌就要打败仗。按司法程序办事。要搞好预审，要搞好起诉，要搞好审判。……一定要经过预审来核实，还有口供问题，法律上有证言，但我们办案一定要重视证据，只有口供没有证据不能定。”
随后说：“这件事一定要办好，只能办好，不能办坏。具体有以下几条：一、罪证要周密有力，人家考不倒。最重要的是要同的错误分开。这样做，符合历史的真相。比如，是一贯搞逼、供、信的，一贯反对搞逼、供、信……。二、对罪犯要做好分化瓦解工作。要让他们认罪服法，要让他们中有的人能站出来讲真话。比如、，他们要讲真话，对搞清这个案子非常有利……。三、处理要妥善。自始至终不要在生活上搞虐待。要使我们的后代都知道我们对他们是仁慈的。”
他又说：“我同意彭真说的严格按法律程序办事。时间不要限制太死了。”黄火青、江华插话，都提到“要重视证据”。
彭真最后说：“……起诉书应当以证据做后盾，以预审做基础。四道程序把关。公、检、法是三道关，领导小组是第四道。现在的起诉书(草稿)不能拿出去，要把罪行列出来。……有不少是路线问题，我们是审理罪行的，路线问题我们管不着，公、检、法没有资格审查的路线问题……。”“从事实做起，从调查研究做起。离开事实，谁讲也不算数。经过调查研究，有什么算什么。只有事实，案件才靠得住。”
这次会议记录，很快传达到参加“两案”的工作人员，他们组织两个精干的班子，按照要求将工作开展起来。总政保卫部组织预审组，与羁押在秦城监狱里的案犯接触，核查罪行。取证组分赴全国各地，和有关机关向知情人依法取证。起诉组进一步修改起诉书草稿。
3月30日，全军“两案”审判工作会议召开，史进前副主任代表“两案”审判领导小组，紧急布置集团案办公室各组加速工作进程。
4月，受理了、集团案在押案犯、、、、、、吴法宪、、、江腾蛟等，并开始侦查预审。最高人民派出检察员自始至终参加了侦查预审活动，依法进行监督。
5月中旬至下旬，彭真在听取“两案”审判准备工作情况汇报。听完汇报后，他面带笑容说：“现在形势大好。我讲的是‘两案’的形势。五中全会上制定新章和十二条准则。四同志解除了职务。决定为，开追悼会。悼词中讲林、江一伙，把头子定了。这些，对‘’一伙震动很大。”
针对案的审判准备工作存在的问题，他指出：首先，案所有案犯交总政。从诬陷入手，突破案犯篡夺和权的问题。其次，是突破禁区，包括思想的禁区、人的禁区、材料的禁区。档案是重要材料，一部分集中在，一部分集中在办公厅，要组织人去看。
随后，“两案”审判指导委员会就查阅档案资料问题向写出报告。7月，中共发出红头文件，批准“两案”办案人员，可以到办公厅、办公厅、档案馆及政法机关等单位查阅有关文件资料。这样，取证组得以从这些单位的档案里取到证据。
9月4日至5日，书记处对“两案”问题又进行了讨论，制定出新的审判方案。
9月8日下午，彭真就“两案”问题向常委汇报。、、、、等听取汇报。彭真甩开材料汇报说：“关于‘两案’的问题书记处讨论了两次，9月4日及5日上午。现在主要情况弄清了，10名主犯的罪行基本查清了。一边是黄、吴、李、邱加江腾蛟，谋害有江腾蛟，他是‘三国四方’会议确定谋害主席的指挥官。一边是‘’加，同、两个集团的罪行都分不开。五加五共10个人。送常委的起诉书(草稿)，拟判10个人。除江腾蛟外，9个人都是举世瞩目的。其他人另外审判，由最高人民、地方和军事分批陆续审判，10个人判了，其他人的问题就好解决了。”“他们的主要罪行弄清了，林、江是头子，康、张是军师。两个集团是狼狈为奸的一伙。”“起诉书所列的犯罪事实，同的晚年错误划开了。”“起诉书不涉及路线问题，工作上的错误，包括纪、军纪、政纪都不涉及。这次审判只审罪行。”
对于几个具体问题，彭真也谈了自己的意见：什么时候审？是等《中国共产委员会关于建国以来的若干历史问题的决议》出台前审？还是出台后审？他主张先审。怎么个审法？他主张“两个集团”一案起诉，分庭审理。理由是“这两个集团没法分开”。而黄、吴、李、邱、江的情况又有所不同，他们同不一样，历史上还做过一点好事，打过仗，由军人组成的第二审判庭会审。在审判时间上，彭真提出“9、10月份开庭”。这时，拿起起诉书说：“这个起诉书可以用了。”
只简单地说了几句：“还是一案起诉好。”“两个集团互相勾结犯罪。”“10月初就审吧，不要再拖了！”“外国人不要参加。”
接着说：“起诉书的内容不能涉及、的错误，这一点要特别慎重。”至于是先搞决议，还是先审判，他果断地表示：“先审。”以什么形式审判，他提出“成立特别法庭，一审终审”。这些建议基本上被全国常委会采纳。
9月22日，对、集团案侦查预审终结，并根据《刑事诉讼法》第93条第2款的规定，将《对、阴谋集团案起诉意见书》，连同案卷材料、证据，一并移送最高人民审查决定。
1980年9月27日在第五届全国常委会第十六次会议上，最高人民黄火青检察长作《关于对、集团案审查情况的报告》。他说：“、阴谋集团案件，已经侦查终结，移送最高人民，准备提起公诉。”接着他汇报了有关情况并提出成立特别法庭和特别检察厅的建议：
一、中共对、‘’案件处理是严肃慎重的。一再指出要实事求是，证据确凿，以被告犯罪事实为根据，以法律为准绳。根据中共的决定，成立了对、‘’案件审理领导小组，做了大量的工作。审查结果证明，、一伙触犯了刑律，应由司法部门依法追究刑事责任。于今年4月下旬对、一伙在押案犯，开始进行侦查预审。因为这是一个特别重大的案件，所以最高人民派出了工作人员，自始至终参加、监督了侦查预审过程。现在对全案已经侦查终结，并将《起诉意见书》，连同案卷材料、证据，一并移送到最高人民。最高人民审查了材料、证据，讯问了被告，大量事实证明，、集团罪行严重，证据确凿，准备向最高人民提起公诉。
二、、两个集团是相互勾结，相互利用的，他们既有共同的目的和共同的活动，又有各自的野心和各自的活动。‘’的前五年他们勾结在一起狼狈为奸，进行夺权、祸国殃民的罪恶活动，犯罪活动是纠缠在一起，分不开的。……因此，这次决定对、两个集团作为一案起诉。
这次对、集团案提起公诉的是10名主犯。他们是：、、、、、、吴法宪、、、江腾蛟。已死的各犯不再起诉。
这次准备对他们起诉四项罪状，一是煽动、策划专政的；二是诬陷和人，夺权；三是广大干部和群众，实行专政；四是谋害，策动武装叛乱。总起来说是篡国，祸国殃民。……
除上述10名主犯外，其他案犯，将根据不同情况，另行审讯和分别向最高人民、地方和军事提起公诉。
三、在侦查预审和检察的过程中，我们进行了充分的调查研究。重证据，不轻信口供。以事实为根据，以法律为准绳，依法办事。对、一伙的诉罪，我们依据的是经过检验的原始书证材料和原始物证，如档案、信件、日记、笔记、讲话记录和录音等。从大量的罪证材料看，、一伙罪恶累累，罪责难逃！
四、准备提起公诉的是、一伙触犯刑律的罪行，不涉及工作中的错误，包括路线错误。……
五、鉴于、一伙的犯罪，案情特别重大，建议常委会决定组成特别法庭、特别检察厅审理这一案件。请予审议。
接受上述建议，9月29日第五届全国常委会通过了《第五届全国常务委员会关于成立最高人民特别检察厅和最高人民特别法庭检察、审判、集团案主犯的决定》，全文如下：
鉴于、集团案是特别重大案件，根据最高人民和最高人民的建议，全国常务委员会特作如下决定：
一、成立最高人民特别检察厅，对、集团案进行检察起诉。
任命最高人民检察长黄火青兼特别检察厅厅长，最高人民副检察长喻屏、人民解放军总副主任史进前为副厅长，马纯一、王文林、王芳、王振中、王瀑声、王耀青(女)、冯长义、曲文达、朱宗正、江文、孙树峰、李天相、沈家良、张中如、张英杰、张肇圻、孟庆恩、图们、钟澍钦、袁同江、敬毓嵩为检察员。
二、成立最高人民特别法庭，审判、集团案主犯。特别法庭设两个审判庭。
任命最高人民院长江华兼特别法庭庭长，人民解放军副总参谋长伍修权、最高人民副院长曾汉周、人民解放军总副主任黄玉昆为副庭长，王文正、王志道、王战平、甘英(女)、史笑谈、宁焕星、司徒擎、曲育才、朱理之、任成宏、任凌云、刘丽英(女)、刘继光、许宗祺、严信民、苏子蘅、巫宝三、李明贵、李毅、吴茂荪、沈建、张世荣、张敏、范之、费孝通、骆同启、高朝勋、高斌、黄凉尘、曹理周、翟学玺为审判员。
任命曾汉周为第一审判庭审判长、伍修权为第二审判庭审判长。
三、特别法庭公开进行审判，由各省、自治区、直辖市、各派、各人民团体、国家机关、人民解放军派代表参加旁听。
四、特别法庭的判决是终审判决。
随后，特别检察厅和特别法庭在黄火青和江华主持下分别迅速成立。
特别检察厅和特别法庭审判林、案主犯开庭前的准备工作
特别检察厅成立后，特别抓紧对起诉书的修改完善。主持“两案”审判委员会工作的彭真对起诉书的质量要求更为关注。为此，10月初他邀请在京的刑法专家和刑事诉讼法专家，对起诉书进行讨论。讨论一次后，他提出：对、集团案主犯的起诉，是全国人民的大事，具有世界性的影响，应当邀请全国的专家来京参加讨论。会后由在京专家提出拟邀请的外地专家的建议名单，经彭真批准后，由全国出面，通知上海、武汉、长春、西安、重庆、广州等地所在省、市办公厅转告有关高校刑法、刑事诉讼法专家立即赴京开会。与会专家共计28人，讨论历时一周，地点在小会议室。经过认真讨论，对起诉书提出若干修改意见，随后这些意见均被特别检察厅所采纳。
11月2日，特别检察厅完成了审查《对、阴谋集团案起诉意见书》、案卷材料、证据和讯问被告的准备工作，认为、集团案中、、、、、、吴法宪、、、江腾蛟等10名主犯的犯罪事实清楚，证据确凿、充分，决定提起公诉。并经最高人民检察委员会讨论，一致通过了《最高人民特别检察厅起诉书》。
11月5日，特别检察厅将起诉书移送最高人民特别法庭，对、集团案10名主犯提起公诉。并将本案被告人、、、、、、吴法宪、、、江腾蛟及其案卷材料、证据一并移送特别法庭依法审理。
11月6日，特别法庭召开第一次全体审判员会议，讨论接受特别检察厅移送的起诉书，并通过法庭规则。与此同时，彭真在“两案”审判指导委员会上明确指出有律师辩护比没有好。
11月8日，特别法庭召开第二次全体审判员会议，讨论决定受理特别检察厅起诉的、集团案件，决定向被告人送达起诉书副本。
11月10日，特别法庭派出书记员将起诉书副本，分别送达被告人、、、、、、吴法宪、、、江腾蛟。并告知他们，依据《刑事诉讼法》第26条的规定，被告人除自己行使辩护权外，还可以委托律师辩护。
11月11日—14日，被告人、吴法宪、江腾蛟、先后提出了委托律师的申请书，要求法庭为他指定辩护律师。原有委托律师辩护之意，后又撤回了要求。
11月17日，特别法庭按照《刑事诉讼法》第114条第4款的规定，在开庭3日以前，派人向被告人、、、、、、吴法宪、、、江腾蛟分别送达了出庭受审的传票。
至此，特别检察厅和特别法庭开庭前的工作进行完毕，剩下的就是等待开庭了。