确山县第二高级中学创建于1969年，原名为"确山县城郊高中"，后于1989年更为现名。原校址位于确山县城东郊姚楼（现职业中专），于1994年迁入县城南山脚下（原教师进修学校院内）。
学校迁入县城时，只有一座12班规模的三层小楼，一座破旧不堪的礼堂。当时只有8个教学班，不足400名学生，教职工近60名。十年来，学校有了令人瞩目的发展。尤其是近三年来，在县委、县政府的正确领导下，在教体局的全力支持下，学校无论是办学条件还是教学质量，都有了巨大的变化。
2002年12月，校长李付喜同志提出了"科研兴校、质量强校、特色立校、以德治校"的十六字发展战略，力争在三、五年的时间内改善二高的办学条件，在硬件和软件建设上有一个大的突破，早日实现和一高的平等竞争。思路决定出路，在重重困难面前，大家心往一处想，劲往一处使，各项工作步入良性发展轨道。
目前办学规模已达44个教学班，在校学生2400多人，教职工170余人。确山二高是驻马店市一所依靠自己力量实现办学腾飞的学校。在体音美特色办学方面，走出了一条新路。学校的独特发展思路和成功实践带动了周边兄弟学校的发展。现在已有多所学校来确山二高学习特色办学的模式。